小球藻富含營養素，應用於保健食品、營養食品、美容產品等。而小球藻的粒徑平均小於10 μm，因此從培養液分離出小球藻，需要透過高速離心設備進行固液分離。
在實驗階段過程，因處理量不大，適合使用高速管式分離機。即使培養液的小球藻只有1%，也是輕易分離而獲得藻體，透過冷凍乾燥產出的藻粉，符合預期品質。
