醫藥製藥產業鏈上有上游、中游和下游,而需要分離的工藝是上游和中游。
上游是從事醫藥品原料的製造(包括合成、抽取、發酵、組織培養等製程),以及新藥開發。西藥原材料包括一般化學品、天然動植物抽取、微生物菌種、發酵及基因工程或細胞融合之蛋白質相關的組織細胞等,其中以一般化學原料占大宗。中藥的原材料為中藥材,包含植物、動物、礦物等原料。近年來因為生物技術的進展,利用基因轉殖方式,以組織培養技術或直接培養植物或飼養動物來生產藥物。
中游是從事原料藥工業及中藥材加工業。原料藥工業包含有機化學合成、天然物萃取純化、微生物的發酵或發酵後半合成,主要製程技術在回收、萃取、分離、純化及製劑配方。由一般化學品製備者,主要製程技術為複雜的有機合成及分離純化。