色素萃取製程中，需要用到溶劑，因此液體中有不同密度的輕重液，即使在長時間下，輕重液不易分層。並且經過發酵槽，而有類似菌體的固體。
在實驗產量中，可以使用家庭式油水分離機，液液分離，攔截固體，有良好的分離效果。
但需要注意的是，因為溶劑容易揮發，用離心分離時，要在通風地方降低揮發濃度，否則可能產生爆炸的可能性。
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